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Bei der Stellung der Negationspartikel nicht im Satz kommt es darauf an, dass klar ist, worauf sich die Negationspartikel bezieht, was also negiert werden soll. Man unterscheidet im Allgemeinen zwischen einer Satznegation, die sich auf den ganzen Satz bezieht (Beispiel 1) und einer Sondernegation, die sich nur auf einzelne Teile des Satzes bezieht (Beispiel 2):
Beispiel
(1) Beltracchi kannte Max Ernst nicht.
(2) Nicht Beltracchi arbeitet als Fälscher, sondern Meyer-Schulze.
Wenn die Negationspartikel nicht am Ende des Satzes steht wie in (1), ist klar, dass sie sich auf den ganzen Satz bezieht. Steht die Negationspartikel im Satz, so besteht prinzipiell die Möglichkeit, dass sie sich nur auf den ihr unmittelbar folgenden Teil bezieht. So auch in Ihrem Beispiel:
Beispiel
(3) Heute scheint nicht die Sonne, sondern der Mond.
Zwar kann man die Negationspartikel nicht immer an das Ende des Satzes setzen, aber in Ihrem Fall haben Sie die Möglichkeit, die Satznegation eindeutig zu kennzeichnen, indem Sie die erste Variante wählen:
Beispiel
(4) Heute scheint die Sonne nicht.
Fazit: Beide Varianten sind grammatisch korrekt. Da es prinzipiell nicht sehr viele Dinge gibt, die scheinen können und da "Die Sonne scheint" eine stark konventionalisierte Verbindung ist, dürfte auch die Variante mit der vorangestellten Negationspartikel keine Verständnisschwierigkeiten hervorrufen. Auf der ganz sicheren Seite sind Sie aber mit der anderen Variante.
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